山西在“文革”开始后，出现了许多造反组织。这些组织后来相互联络，形成两大派：“兵团派”和“总站派”。1967年7月传出毛泽东的最高指示：“六十九军在山西‘文化大革命’中，地位很重要，要跟六十九军的同志说一下，要站在刘格平同志一边，坚决支持刘格平同志。”陈永贵一向是紧跟毛泽东的，为此，他坚定地站到了刘格平的“总站派”一边。
身陷平遥武斗围困之中
两大派在全省各地都建有自己的武装力量，陈永贵虽然在昔阳县不准打派仗，不准有武斗队，但他却支持晋中地区“总站派”的晋中野战军。晋中野战军在平遥县建立了一个军火制造中心，大量生产单响步枪和仿造解放军的“五四式”手枪，而且还大批生产手榴弹。武斗队的出现使山西各地武斗不断，局势异常混乱。
1967年8月初，晋中地区的两大派组织在平遥县开打。当时，平遥“联络站派”（属于太原“总站派”）在县城召开学大寨会议，“总司派”（属于太原“兵团派”）则召开纪念“八一”建军节会议。8月3日，两派队伍在街头游行中相遇，发生武装冲突。“总司派”还调集手持棍刀的农民、民兵进城，形势十分严峻。“联络站派”则火速派人赴京告状，说“总司派”反大寨，砸了他们的机构。6日晚，智生元（省军区负责人之一）给陈永贵打电话，说康生知道平遥武斗消息后，中央和省革委会委托陈永贵和晋中核心小组、六十九军与革命群众代表组成“三结合”小组，去解决平遥的武斗问题。7日，陈永贵奉命代表山西省革委会前往平遥，调解当地两派造反组织发生的武斗事件。
谁知，陈永贵的到来却使两派的斗争越演越烈，并使自己陷入围困之中。
蹲在解放军中脱离险境
陈永贵是第一次去平遥。平遥城共有6个城门，是座著名的“龟城”。当时，“总司派”占领着5个城门，只有南门由“联络站派”控制。陈永贵支持“联络站派”，自然是从南门进城，这无形中加大了两派的对立情绪。陈永贵一行一进南门，“总司派”就连打3枪，伤了3人，并很快占领了南门。陈永贵和“联络站派”的人员迅速转移到了城隍庙。直到8月9日，陈永贵等人才在六十九军的帮助下离开了险境。
六十九军的解放军战士之所以能够及时赶到平遥，得益于新华社记者将陈永贵被困的消息传到了北京。周恩来得知此事后，要求想方设法把这位劳模接出来，并作了几条指示：派一个武装营到平遥去，再派一个不带武器的徒手连进城把陈永贵接出来。于是，驻晋第六十九军军长谢振华亲率部队赴平遥。一个武装营在卡车上架着机枪，围着平遥城不停地转，徒手连的战士则站在3辆卡车上，手拿《毛主席语录》，高呼“毛主席万岁”，从城门洞里开了进去。过了一会儿，这3辆卡车又拉着原来的解放军战士高呼着口号开了出来，陈永贵就穿着军装蹲在解放军战士中间。当时，城门上还是“总司派”的人，但是有周恩来的指示，又有那么多解放军战士，他们不敢轻举妄动。
挑动派性再次遭围困
平遥事件后，陈永贵更公开地卷入了山西两派的斗争。1968年10月，非洲一个国家元首到北京访问，送给毛泽东一些芒果。毛泽东转送了一个给工宣队迎接。这下，全国各地都组织了规模浩大的迎接芒果的群众集会。山西在太原五一广场召集数万人大会迎接芒果。当时，省城的两派群众组织在迎接芒果、向毛泽东表示忠心这一点上达成了一致：共同召集大会，发言和口号都不准带自己一派的观点。刘格平、张日清（山西省军区第二政委、省革委会副主任，与省革委会主任刘格平分属两派）也含笑坐在主席台上以示团结。陈永贵被请到主席台上，谁知，他在讲话中说：“我们要支持刘格平同志。”台下的一派群众跟着呼喊口号并热烈鼓掌，另一派群众却高喊：“炮轰刘格平！”会场大乱。主席台上示意陈永贵不要再说了，但陈永贵在麦克风前又重复了一句：“就是要支持刘格平！”
刘格平马上宣布散会，命令“总站派”赶紧退场。可是，陈永贵却出不来了，支持张日清的一派将他围在中央，质问他为什么要挑动派性。陈永贵讲不清道理，只是大吼道：“毛主席说的，毛主席支持我支持！”几个小时后，六十九军军部派来许多文职军人，劝说群众退走，才将陈永贵接了出去。
听毛泽东话“再不搞派性”
其实，陈永贵和刘格平接触并不是很多，他支持刘格平完全是因为有毛泽东的最高指示。之后，山西两派组织的对立更为严重，造成山西局势一直不能稳定。对于全国各地出现的武斗现象，毛泽东颇感困惑，曾多次试图说服各派不要再打，呼吁各派实现大联合。1969年4月28日，毛泽东在中共九届一中全会上，再次劝各省对立派别坐下来好好谈谈，他说：“还有山西，也是人民内部矛盾。你支一派，我支一派，何必那么尽吵干什么？”
为解决山西武斗问题，1969年7月23日，中共中央发出经毛泽东批示的措辞极为严厉的布告，勒令各派立即无条件停止武斗，实行大联合。中央还严厉批评了刘格平、张日清闹派性的严重错误，确立了谢振华、陈永贵为革命委员会主要领导成员的山西新班子。毛泽东批示后，陈永贵表态说：“再不搞派性啦。”他除参加山西省革委会集体领导的集体活动外，仍把主要精力放在昔阳和大寨，放在把昔阳建成大寨县的工作上。
