港澳特别行政区的全国人大代表，在执行代表职务时要贯彻"一国两制"的原则。按照香港、澳门特别行政区的基本法，香港澳门全国人大代表对修改特别行政区基本法可以参加意见。他们在全国人民代表大会召开期间，行使代表法关于大会期间工作的一切权利，参与国家事务的讨论和决策。平时可以对全国人大和全国人大常委会征求意见的法律草案发表建议和意见，可以对内地的国家 机关和有关机关进行视察，可以对内地各方面工作包括对全国人大常委会的工作提出建议、批评和意见。港澳全国人大代表用建议形式反映香港澳门居民对各方面工作的意见和申诉案件，全国人大常委会的办事机构接到后，应按照法律规定交有关机关和组织进行处理；如果只是转交香港澳门居民的信件包括申诉案件，应作为群众来信转全国人大信访机构处理。
港澳特别行政区的全国人大代表，如何在“一国两制”原则下，更好地执行代表职务、履行义务、发挥代表作用，这是个新问题，需要实践和探索，需要进一步总结经验。